- Bước 1: Khi thay đổi cơ quan đăng ký hợp tác xã, hợp tác xã gửi 01 bộ hồ sơ đến Phòng Tài chính - Kế hoạch thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện đã cấp giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã.

- Bước 2: Khi tiếp nhận hồ sơ, Phòng Tài chính - Kế hoạch: + Yêu cầu người đến làm thủ tục nộp bản sao hợp lệ giấy chứng minh nhân dân hoặc hộ chiếu còn hiệu lực. + Trường hợp được ủy quyền thì phải có giấy tờ sau: Hợp đồng cung cấp dịch vụ giữa người thành lập hợp tác xã, hợp tác xã và tổ chức làm dịch vụ nộp hồ sơ, nhận kết quả và giấy giới thiệu của tổ chức đó cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả; hoặc văn bản ủy quyền cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả theo quy định của pháp luật.

- Bước 3: Phòng Tài chính - Kế hoạch giao giấy biên nhận khi nhận hồ sơ đảm bảo tính hợp lệ. Trong thời hạn 05 ngày làm việc, Phòng Tài chính - Kế hoạch đã cấp giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã bàn giao đầy đủ 01 bộ hồ sơ đăng ký cho hợp tác xã và lưu giữ 01 bản sao bộ hồ sơ đó tại Phòng Tài chính - Kế hoạch. Khi bàn giao hồ sơ cho hợp tác xã, phải có giấy biên nhận có chữ ký của người trao, người nhận hồ sơ, toàn bộ hồ sơ được niêm phong và được giao cho người nhận. Trong trường hợp không bàn giao bộ hồ sơ đăng ký hợp tác xã cho hợp tác xã thì Phòng Tài chính - Kế hoạch phải thông báo bằng văn bản và nêu rõ lý do

- Bước 4: Trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ ngày nhận lại hồ sơ đăng ký hợp tác xã, hợp tác xã phải tiến hành đăng ký thay đổi nơi đăng ký hợp tác xã tại Phòng Tài chính - Kế hoạch đăng ký hợp tác xã mới. Phòng Tài chính - Kế hoạch đăng ký hợp tác xã mới thực hiện việc thay đổi và cấp giấy chứng nhận đăng ký mới cho hợp tác xã. Trường hợp không cấp giấy chứng nhận đăng ký cho hợp tác xã thì phải thông báo bằng văn bản và nêu rõ lý do cho hợp tác xã biết.

- Bước 5: Khi nhận giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã mới, hợp tác xã phải nộp bản gốc giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã đã được cấp trước đó.